员工在扣除社保和 住房公积金 之后，剩余部分应该达到31275元， 个人所得税 就需要缴纳5000元。10月1日起执行5000元的费用扣除标准(俗称起征点)，指的是扣缴单位10月1日后实际发放工资时适用5000元的新标准。按照税法规定， 扣缴义务人 支付工资计算税款后，次月15日内向税务机关办理扣缴申报。综上，扣缴单位10月1日后向纳税人发放的工资薪金，按照5000元月的费用扣除标准计算个人所得税。
《个人所得税法》第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
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