两人合伙合同纠纷可以通过协商调解等相关的方式来解决。合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。
1、行政部门调解，是指根据一方或双方当事人的申请，当事人双方在其上级业务主管部门主持下，通过说服教育，自愿达成协议.从而解决纠纷的一种方式。
2、仲裁调解，可以向仲裁机构提出申请，在仲裁机构主持下，根据自愿协商，互谅互让的原则，达成解决合同纠纷的调解协议。
3、法院调解，又称为诉讼中的调解，是指在人民法院的主持下，双方当事人平等协商，达成协议，经人民法院认可后，终结诉讼程序的活动。合同纠纷起诉到人民法院之后，在审理中，法院首先要进行调解。用调解的方式解决合同纠纷，是人民法院处理合同纠纷的重要方法。
合伙合同纠纷可以通过协商、调解、仲裁的方法解决。仲裁的具体方式又包括社会团体仲裁。社会团体仲裁指的是当事人双方的约定，对于现在或者是将来会发生的一定的合同纠纷，由社会团体以内所设立的仲裁机构予以仲裁，该种仲裁的裁决，具有相同的法律效力。
一、合伙合同纠纷的诉讼时效是多久？
一般的合同纠纷诉讼时效为3年，几类特殊的争议，如租赁合同中延付或拒付租金的争议，保管合同中寄存物被丢失或损毁的争议的诉讼时效为一年。
由于合同的复杂性、地域性，因此，因国际货物买卖合同和技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为四年。其他法律规定了特别时效的，依照其规定，如《海商法》规定的货运赔偿请求权的时效为一年。诉讼时效的起算时间，自当事人知道或者当应知道其权利受到侵害之日起计算。
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
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