法律分析：施工合同备案是由建设单位办理的，施工合同是建筑方的承包合同，是承包人和发包人一起商定的建筑安装工程，是明确两方权力和义务关系的合同。可以理解为总包公司承包下工程然后给分包去做，合同理应总包公司进行备案，这是对分包公司利益的保证，并且在一些管理方面可以更好的去限制分包公司的一些不符合制度的行为，所以施工合同备案理应由建设单位办理。
法律依据：《中华人民共和国建筑法》 第三十一条 发包单位应当在建设工程合同签订的30日内，送工程所在地建设行政主管部门备案。合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。
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