公司员工自动离职，公司应当按照员工的实际工作天数来发放工资，以自动离职为由拒绝发放工资属于违法的行为。
根据《工资支付暂行规定》第九条规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
【法律依据】
《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
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