与其它红树林不同的是，这里涨潮时分，茂密的红树林会被潮水淹没，只露出翠绿的树冠随波荡漾，成为壮观的“海上森林”。
东寨港湾滩涂水域宽阔，面积5400平方千米。区内主要保护对象为红树林及水鸟。
红树林：
东寨港红树林是全国成片面积最大、种类齐全、保存最完整的。共有红树植16科32种。水椰、红榄李、海南海桑、卵叶海桑、拟海桑、木果楝、正红树、尖叶卤蕨都是珍贵树种。还有海南特有的种类海南海桑和尖叶卤蕨。
整个林区按不同树种分布有十三个不同群落，千姿百态，风光旖旎。涨潮时分，茂密的红树林会被潮水淹没，只露出翠绿的树冠随波荡漾，成为壮观的“海上森林”。
鸟类：
区内现有高达159种鸟类，其中珍稀濒危、属国家二级保护鸟类有黄嘴白鹭、黑脸琵鹭、白琵鹭和黑嘴鸥、小苇千干鸟等，共16种。《中日保护候鸟及其栖息环境协定》所列227种候鸟中，东寨港有75种。《中澳保护候鸟及其栖息环境协定》所列81种候鸟中，东寨港有35种。这里鸟类众多，可谓是“鸟的天堂”。
其它：
保护区内还有鱼类记录57种。如鳗鲡、石斑鱼、鲈鲷鱼等，大多具有较高经济价值。另有大型底栖动物92种，都具有较高的经济和食用价值，主要有沙蚕、泥蚶、牡蛎、蛤、螺、对虾、螃蟹等。
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