商业用房契税征收标准是3%。根据我国相关法律规定,房屋性质为别墅或商业用途的、小区容积率小于2.0的、房屋单价超过地方政府规定界限的,契税均为3%。
《中华人民共和国契税暂行条例细则》第十六条纳税人符合减征或者免征契税规定的,应当在签订土地、房屋权属转移合同后10日内,向土地、房屋所在地的契税征收机关办理减征或者免征契税手续。