法律分析:
员工在没有办理离职手续的情况下，自动离开公司，是属于严重违纪行为。单位可以以此辞退员工，并给与员工纪律上的处罚，同时也可以扣除员工部分奖励性待遇作为处罚。但是在员工没有给单位造成直接经济损失的情况下，单位是不得克扣员工的劳动报酬的。如单位克扣或者拖欠员工工资，员工可以申请劳动仲裁进行维权。
法律依据:
《工资支付暂行条例》 第七条 工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
《中华人民共和国劳动法》 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。