二套房公积金贷款利率一般是在公积金贷款基准利率的基础上上浮至少10％，具体上浮标准各地区存在差异，以各地区政策为准，公积金贷款基准利率为：
1、贷款五年以下（含五年），利率是2．75％。
2、贷款五年以上，利率是3．25％。
对购买首套自住房且套型建筑面积在90平方米以上的家庭（包括借款人、配偶及未成年子女，下同），贷款首付款比例不得低于30％；
对贷款购买第二套住房的家庭，贷款首付款比例不得低于60％，贷款利率不得低于基准利率的1．1倍；
对贷款购买第三套及以上住房的，贷款首付款比例和贷款利率应大幅度提高，具体由商业银行根据风险管理原则自主确定。
一、公积金贷款的流程
1、贷款申请，向房源对应的，受托银行公积金贷款业务网点提交申请；公积金中心受理贷款；贷款审批。在确认受理后，五个工作日内作出，给予贷款或不予贷款的决定；
2、签订抵押贷款合同；办理抵押登记手续；放款审核。公积金中心收到不动产权登记证明后，进行放款审核；
3、贷款发放。受托银行按约定的放款条件，审核无误后发放贷款，贷款资金按合同约定的账户划拨。
贷款材料：
1、申请人及配偶住房公积金缴存证明；
2、申请人及配偶身份证明（居民身份证、常住户口本和其他有效居留证件，婚烟状况证明文件）；
3、家庭稳定经济收入证明以及其他对还款能力有影响的债权债务证明；
4、购买住房的合同、协议等有效证明文件；
5、有用于担保的抵押物、质物清单、权属证明以及有处置权人同意质押、抵押的证明以及有关部门所出具的抵押物估价证明；
6、公积金中心要求提供的其他资料。
法律依据：
《住房公积金管理条例》
第二十六条
缴存住房公积金的职工，在购买、建造、翻建、大修自住住房时，可以向住房公积金管理中心申请住房公积金贷款。住房公积金管理中心应当自受理申请之日起15日内作出准予贷款或者不准贷款的决定，并通知申请人；准予贷款的，由受委托银行办理贷款手续。住房公积金贷款的风险，由住房公积金管理中心承担。