公司补交个人所得税的步骤如下：
1、向税务机关提供书面说明；
2、将补发工资分摊与所属月份工资薪金所得合并计算缴纳个人所得税；
3、工资薪金所得按月计算，纳税人一个月内取得的所有工资薪金所得一并计算缴纳个人所得税；
4、如果单位未履行代扣代缴义务，应接受税务部门的处罚，并补缴相应税款。
个人所得税的计算方法：
1、确定纳税人的收入类别；各类收入包括工资薪金、个体经营、对企业的投资等；
2、计算应纳税所得额；通常是收入金额减去各项法定的扣除项目，如基本扣除、专项扣除等；
3、适用税率和速算扣除数；根据税法规定的税率表和速算扣除数来计算税额；
4、扣除已预缴税款；如果已经有预缴税款，需要从计算出的税额中扣除；
5、计算应补（退）税额；最终确定应补交或者应退还的税款金额。
综上所述，公司补交个人所得税的步骤包括向税务机关提供书面说明，将补发工资分摊与所属月份工资薪金所得合并计算缴纳个人所得税，按月计算工资薪金所得并一并缴纳个人所得税，如果单位未履行代扣代缴义务，将接受税务部门的处罚并补缴相应税款。
【法律依据】：
《税收征收管理法》
第五十二条
因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。