个人所得税补缴方式有两种：一是由单位补缴，个人应与单位协商，由单位补交个人工资所得利益的个人所得税，并缴纳滞纳金；二是由个人补缴，需准备好所需资料，填写申报报表并提交给税务局，再到银行缴税。个人所得税的征收方式有按月计征和按年计征，具体根据不同类型的所得进行计算。对于超过个人所得税起征点的员工，公司有代扣代缴的义务，员工无需再单独纳税。
法律分析
一、个人所得税补缴方式
个人所得税补缴方式是：
1.由单位补缴：
(1)个人补缴个税应该与单位进行协商，由单位补交个人工资所得利益的个人所得税，并缴纳滞纳金。个人的收入利润没有按期缴纳个人所得税，应该由个人负责缴纳税费本金以及滞纳金。
(2)个人补缴个税与单位进行沟通以后，由办理人员当月补交并扣款。单位不交纳滞纳金，日后审查出来，还要缴纳罚款。
2.由个人补缴：
(1)准备好补交个人所得税所需要的基本资料。
(2)做好补交个人所得税的申报报表。
(3)将申报报表提交到税务局，由税务局出具通用缴款书。
(4)最后到银行去进行缴税，缴完税3-5天即可出具完税证明。
二、个人所得税如何缴纳
个人所得税的征收方式可分为按月计征和按年计征。个体工商户的生产、经营所得，对企业事业单位的承包经营、承租经营所得，特定行业的工资、薪金所得，从中国境外取得的所得，实行按年计征应纳税额，其他所得应纳税额实行按月计征。
三、如何计算个人所得税
计算个人所得税的公式是：应纳税所得额=工资收入金额-各项社会保险费-免征额；应纳税额=应纳税所得额x税率-速算扣除数。公司是对于超过个人所得税起征点的员工的个人所得税的缴纳是有代缴和代扣义务的，公司在给员工发工资时，就需要代扣员工的个人所得税，然后将代扣的个人所得税缴纳至公司所在地的税务机关，在公司代扣代缴后，员工就不需要就该笔工资再次单独纳税了。
拓展延伸
个人所得税补缴的常见方式和注意事项
个人所得税补缴的常见方式包括：自行补缴、税务机关通知补缴、税务机关核定补缴等。自行补缴是指纳税人主动申报和缴纳未缴税款；税务机关通知补缴是指税务机关根据税务检查等情况通知纳税人补缴税款；税务机关核定补缴是指税务机关根据纳税人的申报资料和其他信息核定应补缴的税款。在补缴个人所得税时，纳税人应注意及时缴纳，避免滞纳金的产生；同时，要确保补缴的金额和时间准确无误，避免给自己带来不必要的麻烦。纳税人在进行个人所得税补缴时，可以咨询税务机关或专业律师以确保合规性和避免可能的纳税风险。
结语
个人所得税补缴有两种方式：单位补缴和个人补缴。单位应与个人协商并补交个人工资所得利益的个人所得税及滞纳金。个人也可以自行准备资料、填报申报表，提交给税务局并缴纳税款。个人所得税的征收方式有按月计征和按年计征，计算个人所得税的公式为应纳税所得额减去免征额后再乘以税率，再减去速算扣除数。个人所得税补缴方式包括自行补缴、税务机关通知补缴和税务机关核定补缴。补缴时应及时缴纳，确保金额和时间准确无误，避免滞纳金和纳税风险。
法律依据
中华人民共和国企业所得税法（2018修正）：第二章 应纳税所得额 第九条 企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12％以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除；超过年度利润总额12％的部分，准予结转以后三年内在计算应纳税所得额时扣除。
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第二章 应纳税所得额 第三节 扣 除 第二十七条 企业所得税法第八条所称有关的支出，是指与取得收入直接相关的支出。
企业所得税法第八条所称合理的支出，是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。
中华人民共和国个人所得税法（2018修正）： 第六条 应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。