法律分析：
证书被公司扣了，有以下的四种解决方法。具体如下：1、如用人单位非法扣押劳动者证书的，劳动者可以先与其协商处理；2、协商不成或者一方当事人不愿意协商的，那么可以到当地劳动行政部门投诉；3、投诉效果不佳的，那么当事人也可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁；4、协商、投诉以及仲裁都无法解决的，那么可以到被告所在地的管辖区人民法院提起诉讼。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。