法律分析:
社保停交三个月医疗保险不会清零，三个月以后，医疗保险会重新计算缴费年限。在一个医疗保险缴纳年度内，社保停止缴纳3个月，医疗保险的缴纳年限清零，将重新计算。个人账户余额在重新缴纳医保后，将会激活，可以继续使用，也就是说，个人缴纳的医保金额不会清零。医保缴费中断3个月，将重新计算其连续参保年限。医保清零是针对参保人缴费年限的清零而不是个人账户清零，逐月划入个人账户的金额不会清零(不设立个人账户的灵活就业人员医保账户内本来就是零)。因未及时办理停保手续，参保人停缴费后，社保部门会要求其缴纳滞纳金，但不会清零其个人账户资金和缴费年限。因工作变更等原因停止参保的人员，可前往参保所在区地税部门办理停保手续，再参保时续保。如异地就业可到各级经办机构办理养老保险关系的转移接续，参保人停止缴费却不办理停保手续，系统上会出现其欠费提示。
法律依据:
《中华人民共和国社会保险法》 第六条 国家对社会保险基金实行严格监管。国务院和省、自治区、直辖市人民政府建立健全社会保险基金监督管理制度，保障社会保险基金安全、有效运行。县级以上人民政府采取措施，鼓励和支持社会各方面参与社会保险基金的监督。