真菌感染而导致脚气的出现，不仅会有扩散性，还会有传染性，所以再治疗脚气病的时候要进行隔离治疗。脚气病的治疗难点在于治疗期间容易出现复发，这是因为患者并没有处理好自己的卫生工作。
1.趾间有糜烂、渗液者
不可以外用刺激性强的药，最好先使创面收敛干燥再用药。可以用1：8000高锰酸钾溶液湿敷，然后外用油剂或粉剂，待皮肤干燥后改用盐酸特比萘芬等霜剂或软膏。
2.如果皮肤角化增厚严重，抗真菌药物很难渗透吸收
可以先用10%水杨酸软膏或复方苯甲酸软膏等使角质软化，再用抗真菌药。皮肤干裂明显者，可以每次温水浸泡，使角质软化，再用抗真菌药。皮肤干裂明显者，可以每次温水浸泡后局部涂油膏，然后用塑料薄膜封包，外缠绷带，24～48小时后除去，然后再用抗真菌药。
3.足部起小水疱，未破溃者
可以先用3%硼酸溶液浸泡，然后选用联苯苄唑乳膏等抗真菌霜剂。
4.足癣合并细菌感染，原则上应先局部抗细菌感染
可以用呋喃西林溶液或1：2000黄连素溶液湿敷，严重感染者，可以口服抗生素，如头孢氨苄胶囊、红霉素等。
5.全身治疗
对于顽固的足癣，在没有禁忌证的情况下，可以给予口服药。如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等。这些口服药物效果好，但应注意其可能带来的副反应，肝功能不良者忌用。