主要有以下区别：
1、采样部位不同
做核酸检测时，捅鼻子主要是在鼻部深处进行采样，而捅喉咙是在咽部。
2、痛苦程度不同
在做核酸捅喉咙造成的不适感相对较少；捅鼻子的不适感相对更多，因为捅鼻子需要用长棉签穿过受试者鼻部到达鼻后壁，而棉签通过鼻腔时会对鼻腔黏膜造成摩擦或挤压，从而会引起酸胀或疼痛感，尤其是对鼻腔结构异常的人来说。
3、结果准确性不同
捅鼻子不会有其他因素导致取样不准确的情况，而捅喉咙会因为部分受试者咽部敏感或者导致采样不合格，进而出现核酸检测出现误差，并且在捅喉咙采样时，还会形成气溶胶，造成周围环境污染。