益生菌进入肠道繁殖， 其代谢产物抑制了肠道腐败菌、病原菌的生长繁殖， 减少了肠道内酚类、NH3、臭粪素等有害物的浓度， 调整肠道蠕动， 促进肠内容物水分吸收， 有利于粪便成型。不少家长表示这种对儿童好的的合生元益生菌冲剂在哪里买？可以到网上咨询购买合生元益生菌冲剂吗？
益生菌通过进入肠道繁殖，其代谢产物抑制了肠道腐败菌、病原菌的生长繁殖，减少了肠道内酚类、NH3、臭粪素等有害物的浓度，调整肠道蠕动，促进肠内容物水分吸收，有利于粪便成型。同时，能降低肠道疾病的发生率，细菌继发性感染少，肠道病发生后容易控制。
益生菌对免疫功能的调节作用正是通过此种机制而实现的，部分乳杆菌和双歧杆菌属细菌在不同程度上被认为是免疫刺激剂或“生物反应调节剂”。