普宁寺正门，面阔五间，当中三间石刻拱门，象徵“三摆脱门”(佛门、无相门、无作门)。殿内供奉的两位天神即“哼哈二将”，是1986年修复时新塑的，高4.34米，木骨泥塑。手持金刚杵，袒露上身，衣缠腰际，瞠目作威猛状。左为密持金刚，右为那罗延金刚。碑亭为平面三间方型，重檐歇山顶，下檐单翘单昂，上檐单翘重昂，黄琉璃瓦绿剪边覆顶。亭内有三座碑，旁边是《御制普宁寺碑文》，记录了兴修普宁寺原委跟布局;左右为《御制平定准噶尔勒铭伊犁之碑》、《御制平定准噶尔後勒铭伊犁之碑》，记述清政府平定准噶尔部贵族达瓦齐.阿睦尔撒纳的叛乱，坚固西北边防的史实。这三座碑均为乾隆御笔，用满、汉、蒙、藏四种文书写成。钟楼平阔三间，两层楼阁，单檐歇山顶。内悬清朝雍正年间铜钟一尊，高2米，口径1.26米。逐日凌晨，喇嘛叩击108响，僧人开端上殿念经。佛教称这108声钟声可去108种懊恼，“闻钟声，烦恼清，智慧长，菩提生”。
大殿为重檐歇山顶，覆绿剪边黄琉璃瓦，正脊中心置一藏传佛教寺院建筑特有装潢铜质鎏金宝塔。屋脊、前後垂脊、岔脊头共有十个鸱吻，在建筑上可掩护脊垄牢固、不渗水。檐角上各有七个栩栩如生的飞禽飞禽像，它们各有其寄意。第一个是龙，能兴风作雨，是帝王象徵。第二个为凤，鸟中之王，指有圣德之人。第三个是狮子，为镇山之王，英勇森严。第四个是天马，象徵天子威德畅达四方。第五个是海马，喻意皇帝威德可通天八海。第六个是狻猊，是一种能食虎豹的猛兽。第七个叫押鱼，为海中异兽，能灭火防灾。大殿正中供奉三世佛，中间是现世佛释迦牟尼，左边是前世佛燃燈，右边是将来佛弥勒，木雕金漆，金光闪耀，仪态庄严。两侧山墙石坛上排列十八罗汉像。北墙绘有八尊度母和胜乐十六天女图，栩栩如生，传神入画。屋顶绘有六字真言。