三清山又是研究东亚、北美的古地质、古地理和古生物演化的“天然实验室”，根据大陆漂移和海底扩张板块构造的理论，在三叠纪时期，世界大陆曾是统一的古陆，在650万年前，通过漂移形成了现在的形状，而原来在古陆上的种子植物也随着古陆的漂移而迁移。在对三清山的植物区系进行分析发现，三清山的鹅掌楸和北美(美国)的鹅掌楸形成对应关系，而且是对应成分突出的代表。又如三清山的华东黄杉是美国花旗杉也形成对应关系。这些都可以证明三清山与北美大陆原来都联结在一起。
三清山又被称为第四纪冰期时东亚对重要的“生物避难所”。在第四纪冰期时期，由于全球气温普遍下降，很多植物遭到了毁灭性的摧残，但是因为三清山的温暖湿润的气候条件，加上复杂的地形环境，成了许多古老植物的避难所。现在三清山的已查明的高等植物种类达2373种，其中很多都是珍稀的物种。象红豆杉、白豆杉、银杏、天女花等等，三清山还是南方铁杉的分布中心。尤其是到了春暖季节，数千亩的高山杜鹃树，花开时，姹紫嫣红。令人心醉。20___年9月26日，三清山的珍稀植物物种就随“神七”的实验舱升上太空。此次搭载的植物物种有25种计200克，包括珍稀濒危种长柄双花木和秀丽槭，中国特有种青钱柳、木姜叶冬青、迎春樱桃等，东亚——北美间隔分布种野鸭椿，国家重点保护种张氏红山茶，优势种有水丝梨、香楠、雷公鹅耳枥等等。遨游过太空的三清山濒危植物种子现在已经被送到中山大学进行培育，培育成功后将移栽到三清山濒危植物园。三清山是世界自然遗产地，有着丰富的植物物种，其中珍稀濒危植物33种。目前，三清山管委会已在岭头山征地1000亩用于建立濒危植物园，计划引种北美同属植物、珍稀濒危植物和观赏性植物及花卉。大家在游览的过程中，会看到这些植物都挂有标志牌，可以一瞻它们的风采。