专利独家许可协议的办理流程：首先，被许可人应当与许可人订立书面许可合同。其次，根据协议向许可方支付使用费。专有许可是指被许可人在一定条件下实施其专利的权利。本许可证的特点是被许可人不得自行使用该专利，也不得将同一许可证授予任何第三方。专利申请日对专利申请人具有十分重要的意义，对专利申请人是否能获得专利权有直接关系。如果获得了专利权，专利权的保护期限也从申请日起算。
法律依据：
《专利实施许可合同备案方式》
第十三条 专利实施许可合同嫌历备案后，国家知识产权局发现备案申请存在本方式第十二条第二款所列情形并且尚未消除的，应当撤销专利实施许可合同备案，并向当事人发出《撤销专利实毕腊施许可合同备案通知书》。
第十四条 专利实施许可合同备案的有关内容由国家知识产权局在专利登记簿上登记，并在专利公报上公告以下内容：许可人、被许可人、主分类号、专利号手者滑、申请日、授权公告日、实施许可的种类和期限、备案日期。专利实施许可合同备案后变更、注销以及撤销的，国家知识产权局予以相应登记和公告。