法院对变造金融机构批准文件罪的裁判标准如下：
1、一般情形，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；
2、情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；
3、单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照上述规定处罚。
【法律依据】
《中华人民共和国刑法》第一百七十四条
未经中国人民银行批准，擅自设立商业银行或者其他金融机构的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
伪造、变造、转让商业银行或者其他金融机构经营许可证的，依照前款的规定处罚。
单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。