在实施超时默认制度的公司中，员工遇到异常情况或特殊情况时，管理者可以采取以下方法处理：
弹性调整工作时间：允许员工根据个人需求在其他时间补偿超时工作时间，以保持工作时间的平衡。强调工作效率：鼓励员工提高工作效率，合理安排工作时间，避免频繁加班，从而减少超时工作情况的发生。提供心理健康支持：关注员工的心理健康状况，提供心理健康支持和咨询服务，帮助员工调整工作状态，减少超时工作的可能性。建立例外申请机制：制定明确的例外申请机制，员工在遇到特殊情况时可以向主管提出申请，并经过审核后获得豁免或调整工作安排。提供奖励机制：对于表现优秀的员工，可以考虑提供奖励或奖励假期，以鼓励员工在工作时间内高效完成任务，减少超时工作的需要。例如，某公司实施了超时默认制度，但由于某些项目的特殊性，员工在某段时间内需要频繁加班。为了解决这一问题，公司可以与员工沟通，调整工作安排，安排弹性工作时间，或者提供奖励机制激励员工提高工作效率，避免超时工作情况的发生。