企业清理债权债务的方式是：1.重新审核签订偿还协议，并按协议约定清缴欠款;2.债权清缴与财政扶持和抹帐等相结合、实施综合清欠;3.鼓励企业发展，对成长性较强的生产型企业欠款，采取债权转股权或债权转投资。根据《公司法》第一百八十五条，清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。