两者的不同点：(1)当课税对象的额度大于起征点和免征额时，采用起征点制度的要对课税对象的全部数额征税;采用免征额制度的仅对课税对象超过免征额部分征税。(2)两者的侧重点不同，前者照顾的是低收入者，后者则是对所有纳税人的照顾。
法律依据:
《中华人民共和国企业所得税法》 第五十一条 非居民企业取得本法第三条第二款规定的所得，以机构、场所所在地为纳税地点。非居民企业在中国境内设立两个或者两个以上机构、场所，符合国务院税务主管部门规定条件的，可以选择由其主要机构、场所汇总缴纳企业所得税。非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得，以扣缴义务人所在地为纳税地点。