法律分析：劳动合同工资与实际工资不符的处理方法：
出现这种情况时，劳动者一定要留心保留领取工资数额时的证据。而劳动者为了保障自己的利益，可以与用人单位协商变更劳动合同，将劳动合同的工资改成实际支付的工资。用人单位之所以这样做，主要是想逃避法律规定的以工资为基数计算的缴纳社会保险费、计算加班费等责任。然而这种做法是不合法的。如果有发放记录等证据证明企业发放的工资与劳动合同的工资不一致，一旦发生纠纷，仲裁机构和法院会支持以实际工资为准。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第十六条 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
建立劳动关系应当订立劳动合同。