在网上办理港澳通行证如下：
1、登录出入境网站按提示要求填写好相应内容；
2、在申请的第四个工作日后可登录网站查询申请是否已受理；
3、申请受理后申请人可以在第十个工作日后凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。
一旦网上申请获得审批通过，并制作签注，不管申请人是否领取或使用，都必须按规定交纳费用。拒不交费的，公安出入境部门将记录在案，申请人再次申请时，公安出入境部门将会视情况给予相应的处理。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第八条民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。