前面已经简要的阐述了司法介入的必要程序，如公司章程修改之诉进入司法程序后，法官在对公司章程之诉必然要进行实体性的审查，此种审查就是为了使法官得出公司章程是否一定必须修改结论。如果一旦审查认为公司章程必须修改则法院必然会通过裁决予以确定，并赋予公司章程修改的强制性和不可违抗性。
1、公司章程修改不得违背公司法强制性规定
法院在公司章程修改之诉审理过程中，必然要对该类案件进行实体性审查。进行审查过程中，首要的考虑的因素就是公司章程修改的内容是否违背公司法及其他强制性规定。
公司章程是调整一个公司所有股东之间、股东与公司之间法律关系的必备性文件，它是股东意思自治的体现，但章程的自治性是相对的，它以不违反法律、行政法规强制性规定为前提。因此在公司章程修改诉讼中，法院首要需要审查的就是公司章程修改是否有违反法律强制性规定的情形存在。如果在公司章程修改之诉中，通过审查发现公司章程修改的内容与公司法或其他法律法规的强制性规定相违背，那么法院应该裁决驳回股东的诉讼请求。
2、公司章程修改的利益权衡审查
公司章程修改未能达到法定或约定的表决比例，其内核在于公司股东与股东之间存在利益上的冲突，还有可能是股东与公司之间的利益冲突，这种利益冲突使得公司章程通过正常的表决机制无法得以修改或变更，这种情况下才诉至法院，要求司法给与必要的介入。那么在司法介入中，法官还应进行利益权衡的实质性审查。我们在实践中完全可以借鉴英国法院有关真诚地为了公司的整体利益的审查机制，建立起有效的公司章程修改的利益审查法则。首先，分析试图变更公司章程的股东善意地认为变更公司章程对公司整体利益是有好处的；对公司章程修改持有否决权的股东认为公司章程修改对公司是无益的。然后法官试图在审理过程中建立起一种利益权衡审查机制。如果章程修改对公司的好处大于坏处，则法官可以准许公司章程修改。当然这种利益权衡审查，需要法官有一定的商事判决的准则，还需要相应的配套机制予以完善，并非一蹴而就。
3、公司章程修改的社会效益审查
法官在审理公司章程修改诉讼时，除了前文所阐述的需要审查公司章程修改的法定性以及公司章程修改的利益权衡以外，还要考虑到公司章程修改的社会效益的相关问题。公司作为一个社会性质的组织，肯定要对社会产生一系列的贡献或者影响，这种效益是辐射性的。公司利用其现有的资源最大限度的满足社会的各种需求。法院在审理公司章程修改之诉时，还应该考虑到涉案公司的社会效益，以理性经济人的角度出发，采取商业判断的方式，对公司章程修改进行全面的评估，最终是否同意或者否决公司章程的修改的诉请。