公积金贷款还款是会影响信用的，公积金还贷逾期会影响征信。首先逾期的记录会上传到征信中，即使结清了记录也要在5年后才会消除。其次，逾期记录保留在征信中的5年内，用户可能会申请其它的信贷业务，如果金融机构对于个人征信的要求比较严格，发现有逾期还款记录，会拒绝用户的申请。公积金如果逾期还款，情节特别严重，可能会导致银行要求用户一次性归还欠款。当然如果用户的账户余额充足却被告知逾期的话，可以向银行申请撤销征信逾期记录。
这个要看选择的扣款方式是哪种，再决定补缴到哪里。
公积金扣款方式一个是从公积金账户扣款，再从绑定的还款银行卡里扣款;一种是直接扣还款卡里的钱，不动公积金账户里的钱。
1、第一种情况通常是由公司缴了公积金后再扣钱的，这种并不能自己交公积金，如果公司没有按时缴纳住房公积金，扣款失败逾期，等公司补缴后再从公积金账户扣钱，当然也可以由贷款人直接把钱存到还款卡账户里，还款日次日银行会再次进行扣款。
2、第二种情况，还款日当天扣款失败，只要把钱直接存到还款卡账户里，让银行扣款就是了。
不过是通过哪种方式进行补缴，银行都会按照有多少扣多少的原则，直到把当月贷款本息收回为止。
公积金贷款逾期还款补交注意事项：
1)补缴后也会产生罚息，一般按天计算利息，日息万分之五左右，还会收取违约金;
2)公积金贷款没有宽限期，超过还款日当天扣款成功也是逾期，虽说补交后把欠款还清了，但要是银行已经把逾期记录上报到央行征信去了，那么照样还是会产生不良信用记录。
3)公积金贷款逾期还款补缴后，不良信用记录从还款成功之日起，会保存5年才会自动消除。