1、刺激胃肠道：由于小青柑中含有咖啡碱，若长期大量饮用，可能会对胃肠道产生刺激，甚至出现胃肠功能紊乱。若患有胃肠道疾病者长期大量饮用后，可能会导致胃肠道受损加重，甚至出现疾病加重的情况；
2、导致便秘：若长期在饭后喝大量小青柑，小青柑中的鞣酸与食物中的蛋白质相结合，可能会生成具有收敛性的鞣酸蛋白质，此时可能会导致肠道蠕动减慢，出现便秘等表现。
3、在饮用小青柑时，应注意避免饮用潮湿、有异味的小青柑。在保存时，应注意密封保存，尽量放置在干燥、通风处。