1、九寨沟的由来有一个美丽的传说，相传主管草木万物的地神，又称大山之神名比央朵明势巴有九个美丽、善良的女儿。有一天，九位姑娘来到了十二座雪峰上空，看到地上沟谷纵横，毒烟四起，生灵涂炭，一位老妈妈告诉他们是一个叫做蛇魔扎的妖怪往河里都投放了毒物，把这里变得乌烟瘴气，毒死很多生命啊。”他们齐心协力打败了这个妖怪，并且留下来恢复这里的山川河流，然后把绿色的宝石撒向十二座雪峰，这里变得一片祥和。后面分别与九位藏族小伙结婚，慢慢形成了九个部落，分居在九个藏寨中，后面就把这里叫做九寨沟。
2、九寨沟的得名来自于景区内九个藏族寨子（树正寨、则查洼寨、黑角寨、荷叶寨、盘亚寨、亚拉寨、尖盘寨、热西寨、郭都寨），这九个寨子又称为“何药九寨”。由于有九个寨子的藏民世代居住于此，故名为“九寨沟”。目前，九寨沟景区仅保留了树正寨、荷叶寨、则查洼寨这三个村寨。