商住两用房的产权年限是50年，根据《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十二行规定：土地使用权出让最高年限按下列用途确定：居住用地70年;工业用地50年;教育、科技、文化、卫生、体育用地50年：商业、旅游、娱乐用地40年;综合或者其他用地50年。
1、商住两用房，不仅使其正常的生活因“商”而受到影响，而且包括物为公用部分的费作和维修费等都要与“商人们”平摊，这本身就是损害了业主的权益。商住混合对追求高舒适度的纯居住业主来主，会带来很多不安全和不安定的因素。
2、商住两用楼存在安全及消防隐患。在目前的消防管理法规及条例中，虽有关于商住楼的规定，但指的是传统意义上的“底部商业营业厅与住宅组成的高层建筑”，而非“既可居住又可用于办公”的商住两用楼。该消防标准规定，住宅只需设消火栓系统，商业营业厅和办公楼则还需按具体需要配置火灾自动报警系统和自动喷淋系统。从建筑装饰材料来说，办公楼的装修档次高，可燃物较多，电和天然气的用量较大，防火规范较住宅严格。因此，对于商住两用楼，如果开发商对其规划用途报建的是住宅，并按住宅消防标准审核，无疑是存在一定的消防隐患。
3、会给物业管理增加难度和成本，同时影响物业管理的品质，从面影响项目的品质，大幅降低住宅的居住质量以及安全感、舒适度。另外，纯住宅社区要做小区配套，如幼儿园、国际学校、双会所等，而如果做商住，就可以不做配套或少做配套。
4、商住两用房是不能进行户口落户的，不能划分学区，首付比例较高。
小产权土地性质实在开发商拿地的时候就已经明确定了。商用或住宅性质是随着城市规划和建设发展，政府从区域发展需要为该土地定出合理的功能性质，如新开区域的商业配套用地，是为区域居住提供的未来生活配套。
但现实却是：在新兴区域发展初期，由于房地产开发不成熟、入住人口少等原因尚不具备较好的商业氛围，如果坚持开发纯商业用房将很可能与市场脱节，销售艰难;而住宅价值明显较高，且易于销售变现。因此，开发商大多都会采取变通方式——部分项目在产品规划上不完全按照地块控规性质的限制，在功能上偏向住宅功能，结合市场效应，从而出现了综合用地、用地上的住宅项目，也就出现了50年产权的住宅。房属于城郊乡镇开发的商品住房，因为没有国家发放的房产证，取而代之的是到乡镇府发放的产权证，这是小产权房称呼的由来。小产权房属于乡镇集体利益跟国家政策博弈的一个产物，没有得合法的地位，有一定政策风险。商住两用房产权就是50年，但开发程序和产权证确实是合法的。