公积金贷款不是直接扣除公积金。用户在申请公积金贷款时，公积金账户内的余额不会被扣除，贷款发下来的资金是住房公积金账户内他人未使用的公积金。而用户则可以办理公积金对冲业务，即使用公积金账户内的余额来归还公积金贷款。
公积金贷款需要连续缴纳公积金才可以申请，中途如果断交，并且没有在规定的时间内完成补缴，则公积金连续缴纳时间将重新计算。
1、测算贷款额度和期限
申请公积金贷款的职工可以通过开发商、贷款承办银行或住房公积金咨询办理事宜。
2、提出贷款申请
购房职工须向公积金贷款承办银行提出贷款申请，并提供上述所需资料的复印件，并携带原件以备查验。
3、签约
贷款申请获批后，按要求去公积金办事大厅签订借款借款合同等。
4、办理手续
办理购房交易和抵押登记手续。
5、银行放款
完成抵押手续后，贷款承办银行按《借款合同》约定向申请人放款，资金直接划拨至开发商指定账户。
根据我国相关法律中的规定，使用住房公积金不仅是限于购房，在租房、装修房屋和修建房屋等情况下，其实只要满足了相关规定的条件，那都可以申请提取住房公积金来用。
另外在购房的时候如果购房者的资金不足而需按揭贷款的话，在向银行申请贷款时，也是可以用自己的公积金来申请贷款的，此时的房贷利率就相对低一些，不过这个时候的贷款条件银行也是更为严格的。
住房公积金贷款利率并不是固定不变的，其利率通常是浮动利率是根据经济发展的需要随时做调整的，各大银行在住房公积金贷款利率上都是根据央行公布的公积金贷款利率来调整的。不过对于公积金贷款利率央行并不是一年调整一次，通常是调整一次之后会沿用很多年。
用户首次申请住房公积金贷款，一般按公积金贷款基准利率执行，不会有所上浮或下调。但是公积金的基准利率也会随着央行货币政策的调整而浮动的，一旦基准利率发生了变化，那从第2年起用户的房贷利率也会按照新的公积金基准利率执行。
只是相对于LPR利率而言公积金基准利率的浮动频率要小得多，因此其利率也是相对较为固定的。