1、水稻穗颈瘟的特效药有噻菌灵、三环唑、富士一号、稻瘟灵等。一般在始穗前20天撒施8%噻菌灵颗粒剂每亩2公斤拌细砂撒施，用于防治。
2、其次在破口期、齐穗期各用药一次。在施药时，要注意药剂的交替使用，并讲究施药质量，喷雾要均匀周到，防止漏喷。