朱棣率军攻破南京城后，宫中出现了一场大火，朱允炆失踪了，任凭朱棣怎么找都找不到。朱棣取而代之，成为明朝的第三任皇帝。而对于朱允炆的旧臣，朱棣是怎么处置的呢？朱棣手段狠辣，把这些旧臣杀之殆尽，虽然没有朱元璋杀功臣时涉及的人数多，但同样非常残忍。
建文帝朱允炆以耿炳文为大将军率军讨伐朱棣。不久却兵败真定。建文帝遂以曹国公李景隆代耿炳文为主帅，结果连战连败。燕王朱棣即位后的第二年，耿炳文遭到刑部尚书郑赐、都御史陈瑛的弹劾，从而畏罪自杀（一说耿炳文已在真定之战中阵亡）。
平安是明太祖养子，小字保儿，以列将的身份随耿炳文北上平乱。建文二年（1400年）至建文三年（1401年），在靖难之役中屡败朱棣，斩杀其将数人。建文四年（1402年），朱棣大败南军，平安被俘。
永乐七年（1409年）三月，明成祖巡幸北平，翻阅奏章时见到平安的名字，对左右说道：“平保儿还在世吗？”，平安知晓后，识趣地自杀了，死后，明成祖下令将平安指挥使的俸禄传给他的儿子。
朱允炆登基之初，黄子澄与齐泰支持朱允炆削藩，不过两人的意见却不是很统一，齐泰认为削藩要先从朱棣开始，而黄子澄却极力反对，认为要从曾经犯过错的藩王开始，而朱允炆听从了黄子澄意见。
而后来朱棣起兵后，黄子澄力谏朱允炆任用李景隆为大将军，齐泰劝阻无果，而李景隆却节节败退。而不管怎么样了，这两人都是朱允炆忠实的拥护者。南京失陷后，他们两人都没有在南京。朱棣没有给他们再谋复兴的机会。两人被抓住后，都不愿屈服朱棣，最后被灭九族。幸运的是他们有后人幸免于难。
而在济南让朱棣打败战的铁铉下场也非常惨，铁铉有勇有谋，朱棣对他非常钦佩，想招揽他。铁铉见朱棣时，骂不绝口，立而不跪。朱棣使其面北一顾，终不可得。
愤怒的朱棣令人割下铁铉的耳朵、鼻子，煮熟后塞入他口中，问他滋味如何？铁铉厉声说忠臣孝子的肉有什么不好吃？铁铉仍不屈服，遂受磔刑而死。而其他族人都被流放，很多都被虐待而死，而女眷则为奴为妓。很多旧臣的女眷都会有这样的结果。
而其中最惨的要数方孝孺，他被灭了十族，也就除了他的家人，还加上他的门生和朋友。方孝孺是大儒士，虽然姚广孝一再请求朱棣不要杀方孝孺，朱棣也答应了。
但后来朱棣火气一上来，就命人将方孝孺车裂在街市，而他的门生为了给他收尸，同样被满门抄斩。而这场屠杀持续了7日之久。虽然方孝孺被灭十族有遭到质疑，但死于这场祸端的人是绝对不会少的。
不得不说，朱棣的行事作风和朱元璋非常像，如此屠杀朱允炆的旧臣，似乎也在效仿当年朱元璋杀功臣的当机立断，而方孝孺想拦也拦不住。
而对于朱棣的登基，地方上没有人反对，但朝廷却是另外一番景象，只有二十四个文臣投降，其他的不是被处死就是自杀或者逃跑，而竟然有上千人那么多。