由于怀孕初期正处于胎儿脑部、神经管、器官发育时期，因此对于药物使用更须谨慎。一般妇产科的用药是可以信任的（例如感冒请妇产科医师开给药物）；而其他科如果是正牌医师，告知已怀孕，所开给的用药也应是可以信任的；而没有牌照的医师或一些药房所给予的用药，即使其表示对胎儿无害，也不可听信。
未确定怀孕前用药要当心
在妇产科常遇到的问题为，准妈妈未得知怀孕前曾服用过感冒药。通常医师并不认为因为服用了三天的感冒药，就必须把胎儿流掉，但在往后的产前检查，则须做得比较详细，视对胎儿的影响情形再做必要的处置。
而减肥瘦身在现代社会蔚为风潮，但各家医院诊所使用的药物五花八门。目前减肥药已产生极大争议，某些药物用于正常人身上，尚且造成伤害，何况是用于孕妇身上。已有许多案例显示，由于孕妇不知已怀孕而使用减肥药，造成胎儿畸形及无脑壳等严重的后遗症。女性朋友在服用减肥药之前，一定要确认处于未怀孕状态及注意医疗行为的合法性，以免造成身体伤害。
怀孕时服用中药须谨慎
另外，中药的使用也要特别当心，因为中药是复方药物，对于胎儿的影响不容易被察觉。而许多民众仍存有怀孕时须以中药补身的观念，如果随便到药房抓药使用，对胎儿可能有不良的影响；例如有孕妇听信人言，未经合格中医师诊断即使用胎儿美白中药，结果造成胎儿心脏外露的遗憾。坊间中药房林立，在使用中药材前，仍应请合格中医师诊断，以避免造成无谓的伤害。
怀孕用药分级
目前已被证实对胚胎有影响的药物，包括抗癫痫药物、某些精神科用药、某些特别种类的抗生素等等，这些药物被证明直接对胚胎有影响，而其他药物影响虽不明显，但仍要谨慎使用。一般医师都有“药物手册”，其中记载各种用药的分级和对胎儿的影响，其分类如下。
A级：目前临床实验证实对胎儿无害。
B级：动物实验证实对胎儿没有致死性的或不良的反应，人体实验尚无报告。
C级：动物实验证实对胎儿有不良的反应，人体实验尚无报告，但必要时可用。
D级：目前临床实验证实对胎儿有不良的影响，但在危及母体生命情况下可用。
X级：目前临床实验证实对胎儿有不良的影响，绝对禁止使用。