如何升级bioconductor版本
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发布时间：2022-04-22 10:23
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时间：2023-05-06 20:28
解决办法：
方法一：以管理员权限安装
flcellogrl@flcellogrl:~$ sudo R
>source("http://bioconctor.org/biocLite.R")
> biocLite()
方法二：修改文件安装目录的权限
也许是在安装R的时候用的是sudo,所以一般安装没有办法去安装到那个目录,可以通过上面的查看安装情况后biocValid()，我知道了安装目录在/usr/lib/R,修改那个文件的权限，这样就能安装进去了。Chmod –R 777 /usr/lib/R
Bioconcto中包含的各种包：http://bioconctor.org/packages/release/bioc/
同时biocLite()也有其他的参数，控制安装。
pkgs 字符，指定需要安装的包
destdir 文件系统路径
lib 安装包的库
二：安装额外的包
除了一种所描述的默认安装的包之外，R和Bioc有非常多的其他的包供安装，bioc包的分类参见[color=rgb(26, 129,194)]BiocViews，假设我们需要安装一个名为EBImage的包
source(“http://bioconctor.org/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)
可以同时安装多个包
biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))
三：升级安装的包
Bioc的包尤其是那些开发版本的包，升级的非常频繁，如果需要同步更新的代码，需要升级。打开新的R。运行
source(“http://bioconctor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())
升级所有已经安装的包，运行
source(“http://bioconctor.org/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(),ask=FALSE)
请阅读update.packages的帮助文档，获得更多的信息。极少的情况下，需要重新编译bioc的包，为了兼容C或者Fortran, 一个方法就是输入并且运行
source(“http://bioconctor.org/biocLite.R”)
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)
这将重新安装所有目前的已安装包，大家需要注意，可能对带宽要求极高。一般不建议进行。
