扩增子+宏基因组,11分经典分析思路!

发布网友发布时间：2024-10-09 02:06

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热心网友时间：2024-10-09 04:37

11分经典分析：根际微生物的垂直空间差异研究

传统根际微生物研究往往聚焦于水平空间的差异，忽视了垂直空间上的区别。然而，新研究揭示了幼年植物根系内部在根尖和根基部的微生物生态位区别。发表在ISME（IF=11）的论文详细探讨了二穗短柄草（Brachypodium distachyon）幼苗中这两个截然不同区域的微生物群落。

研究通过在不同容器（EcoFAB、试管和盆）中种植植物，收集根际和土壤样本，运用16S rRNA测序和宏基因组测序进行深入分析。结果显示，尽管根尖和根基部的微生物群落相似，但与大块土壤中的差异明显。根尖和根基部样本之间的区别不如与大块土壤的差异显著，且容器条件对微生物群落影响不大。

宏基因组分析进一步揭示了代谢差异：根尖中富含与定殖和代谢途径相关的基因，而土壤块中则显示出更多与营养*和环境压力相关的基因，暗示根际可能提供了不同的生境条件。尽管未观察到显著的根尖与根基部微生物群差异，但作者建议，针对老植物的研究需要更高分辨率的采样以揭示更深层的生物交互作用。